In Harvest Moon: Geschichten zweier Städte schlüpft der Spieler in die Rolle eines Farmers, der durch einen plötzlichen Unfall vergisst, in welcher Stadt der eigentlich leben sollte. Die beiden Dörfer Bluebell und Konohana waren einst friedliche Nachbarn. durch einen Streit darüber, wer die besseren Kochkünste besitzt, stürzte die einzige Verbindung, ein Tunnel zwischen den beiden Dörfern, ein. Der Spieler kann die Geschichten beider Städte verfolgen und sich letztendlich entscheiden, in welcher der beiden er leben möchte.