Nachdem die Terrorherrschaft über Hyrule beendet wurde, macht sich Link auf die Suche nach einer neuen Aufgabe. Dabei stolpert er über eine böse Macht, welche ihm Pferd und Ocarina stiehlt. Zu allem Übel ist auch ein Meteorit auf Kollisionskurs mit Hyrule. So bleibt euch nichts anderes übrig, als wieder einmal die Welt zu retten. Mit Hilfe unterschiedlicher Masken verwandelt ihr Link in andere Charaktere und löst so schwierige Aufgaben.