In der Fortsetzung zum Actionspiel Prototype schlüpft der Spieler in die Rolle des Soldaten Sgt. James Heller und jagt von Rachedurst geleitet Alex Mercer - den Protagonisten von Prototype 1 - durch die zerstörten Häuserschluchten von New York. Genau wie Mercer ist auch Hellen mutiert und verfügt über Superkräfte.