In Rodea the Sky Soldier steuern wir den titelgebenden Maschienenkrieger Rodea, der nach 1000 jährigem Schlaf von einer jungen Frau namens Ion in einer alten Ruine aufgestöbert wird. Obwohl das Gedächtnis des Roboters beschädigt ist, hat sein Gerechtigkeitssinn überlebt und er schließt sich seiner neuen Freundin im Kampf gegen das Naga-Imperium an. Das Reich plant, gewaltsam Ions friedlichen Heimatkontinenten Garuda zu unterwerfen. Da dieser im Himmel schwebt, kommen Rodeas Flugfähigkeiten zum Einsatz. In luftiger Höhe treten wir zu Missionen an, lösen dabei Rätsel, bauen unsere Fähigkeiten aus und besiegen feindlichen Truppen.