In Tokyo Jungle schlüpft der Spieler in die Rolle von Tieren, die sich nach dem plötzlichen Verschwinden der Menschen durchschlagen müssen. Ob nun ein Zwergspitz oder ein Alligator aus dem örtlichen Zoo, spielt dabei keine Rolle. Die Tiere sind darauf angewiesen regelmäßig Nahrung aufzunehmen, um nicht zu verhungern. Als Prflanzenfresser stehen verschiedene Pflanzenarten zur Verfügung. Fleischfresser müssen sich im Kampf gegen andere Tiere durchsetzen und gewinnen durch die Jagd die nötigen Kalorien.